ゲーム開始時につけた主人公の名前は、途中で変更することができません。
幻想水滸伝1のデータを幻想水滸伝2に引き継いだ場合、幻想水滸伝1の主人公が幻想水滸伝2にも登場し、幻想水滸伝2で幻想水滸伝1の主人公を仲間にすることができます（戦闘パーティにも加わります）。このとき幻想水滸伝2に登場する幻想水滸伝1の主人公の名前は、幻想水滸伝1のゲーム開始時に自分が付けたものになります。
ゲーム開始時につけた主人公の名前は、途中で変更することができません。
幻想水滸伝1のデータを幻想水滸伝2に引き継いだ場合、幻想水滸伝1の主人公が幻想水滸伝2にも登場し、幻想水滸伝2で幻想水滸伝1の主人公を仲間にすることができます（戦闘パーティにも加わります）。このとき幻想水滸伝2に登場する幻想水滸伝1の主人公の名前は、幻想水滸伝1のゲーム開始時に自分が付けたものになります。
本拠点の名前はゲームの途中で変更することができません。
本拠地の名前は、自分が付けた名前の後ろに「城」を付けて呼ばれることが多いです。たとえばトランと名付けた場合は「トラン城」と呼ばれます。
幻想水滸伝1のデータを幻想水滸伝2に引き継いだ場合、1の本拠地と同じ名前の宿屋が2に登場します。「〇〇亭」という名前の宿屋です。
実はゲーム終盤に各キャラのレベルを手軽に96まで上げる方法があり、その条件の1つがレベルを36（expは900台）に抑えておくことです。とはいえ、このゲームは普通に進めていればレベル60前後でクリアのため、苦労してレベルを96にする必要はまったくありませんし、この方法を使わずに普通にモンスターと戦い続けることでもレベル96は達成可能です。高レベルキャラのステータスを見てみたい等の趣味の領域の話になります。レベルのことは気にせずに普通にゲームを進めたほうが絶対に面白いです。
PS版なら全キャラのレベルを1に戻す方法があるため、レベル36を超えるキャラでもレベル96にすることが可能です。
ちなみにレベルの上げ方（レベル36exp900以上→レベル96にする方法）は「レベル関係の裏技」のページで紹介しています。主人公以外のキャラをレベル96にするときは、2つ目の条件として「幸運の封印球」を宿すことが必須のため、主人公以外の「紋章が固定装備されているキャラ」は裏技でレベルを96にすることができません。
なお、シーナ、クロミミ等の一部キャラに関しては別の条件により
、はじめからレベル99で仲間にすることも可能です。特に紋章が固定装備されているシーナを手軽に高レベルにできるのはこの方法だけなので高レベルのシーナを見てみたいときはこちらの方法をとることになります。
レベルを上げすぎると幻想水滸伝2にデータを引き継いだ後で発生する問題もあります。ただし、PS版なら全キャラのレベルを1に戻す方法があり、その裏技を使うなら問題は生じません。
おそらくレベル2以上のキャラは仲間にしたときのステータスにばらつきがあります。たとえばレベル99のシーナやクロミミのステータスはリセットして再度仲間にするたびに変わります。とはいえステータスは最終的にはある程度同じような値に収まっていくと思いますので（レベル99にしたときに10や20の差は出るかもしれませんが、100や200も差は出ることはないと思うので）、特にこだわりがなければ気にする必要はないと思います。
なお、ステータス（力、技、守、速、魔、運）のうち「守」「速」「魔」「運」（後ろの4つ）は、モンスターがドロップしたり、ミニゲームで入手したりできる「紋章片」というアイテムを使うことで限界まで上げることが可能です（とても時間がかかると思いますが……。PS版なら紋章片で無限にステータスを上げる方法があるため、比較的時間をかけずにステータスを上げることができると思います）。
また、モンスタードロップで入手可能な「土の紋章片」を武器につけると「技」の値が2上がるため、「技」もアイテムで上げることが可能です（技の値が低くて攻撃をよく外すビクトールにおすすめです。通常攻撃が属性付きの攻撃になるそうなので、特定の属性に強いモンスターと戦うときはダメージを与えづらくなって困るかもしれませんが……。ただ、別の属性の魔法紋章を付けておけば、その別の属性の魔法紋章で攻撃できるため、それでも良いのかもしれません。ただし、ビクトールは魔の値が低く、レベル4魔法は使えません）。
つまりステータスは時間をかければ「力」以外はアイテムで限界まで上げることが可能です。ステータスの限界値は255でそれ以降はそのキャラには石を使えなくなります。そのため、ステータスが255を通り越して1に戻ったりはしません（PSP版で確認）。
お店で売ったり、捨てたり、使ったり、途中でいなくなるキャラ（テッド、オデッサ、場合によってはパーン、グレミオも……）に持たせたり宿したりしていると、もう二度と戻ってこない、再入手することもできない希少なアイテムの紹介です。ただし、またたきの手鏡以外はあってもなくてもゲームを進める上で特に困ることはありません。
グレミオは紋章はなくなりますが、持ち物は自動的に倉庫に移動します。紋章もグレミオが生き返れば戻ってきます。
パーンはゲーム序盤の一度目の別れの時点で持たせていたアイテムを所持した状態で再度仲間になります。そのためパーンは、ゲーム序盤に入手したものの、すぐには使わないアイテム（こっとうひん、紋章の封印球など）の倉庫代わりに使えます。パーンがテオに負けたときはパーンの持ち物は自動的に倉庫に移動します。本拠地にまだ倉庫がないときにグレミオやパーンがいなくなっても、本拠地に倉庫ができればその倉庫の中にグレミオやパーンの持ち物が入っています。
「水の紋章片」「土の紋章片」以外の武器に付ける属性付与の紋章片は、入手できる数に限りがあります。また、紋章片を付けた武器に、その武器に付いている紋章片とは別の属性の紋章片を付けると、元々付いていた紋章片は消えてしまいます（要は装備品のように使い回すことができません）。
要はたとえば「火の紋章片」が付いた武器にそれとは別の属性の紋章片を付けると、もう二度と「火の紋章片」が付いた武器を用意することはできなくなります（「火の紋章片」はゲーム中に1つしか入手できないため）。
また、武器に付けた紋章片は取り外すことができません。そのため一度でも紋章片を付けた武器を、何の紋章片も付いていないノーマル属性の武器に戻すことはできません。別の属性の紋章片を新しく付けて、別の属性の武器に変えることはできます。
ストーリーの最初のほうで行くことになる島や城、割と終わりのほうに行くことになる村ですが、この島や城のどうくつの部分に入れるのはその時期のみで、それ以降はもう二度とこの島やこの城のどうくつの部分には入れません。隠された紋章の村もそこに入ることになるイベント時に1回入れるのみで、それ以降はもう二度とその村には入れません。
ただし、入れなくなっても特に困ることはありません。唯一、トラン湖のしろの洞窟内の宝箱にある「力の紋章片」が貴重なアイテムで、それ以外のアイテムは後から別の方法でも入手可能です。トラン湖のしろは色味が良くなくて個人的には気持ちが悪いと思うモンスターが出てきますが、そのモンスターをもう二度と見ることができなくなるのが欠点かもしれません。
ゲーム序盤にグレッグミンスター城内1階のクレイズの部屋の反対側の部屋にある2つの鎧のうち、右のほうを調べると「100ポッチ」が手に入ります。ゲーム終盤に、もう一度グレッグミンスターに行けるようになったときは、この100ポッチはもう無いです。ただ100ポッチ取れるかどうかという話のため、取れなくても特に困ることはないと思います。
また、グレッグミンスターの家に入れるのはゲーム序盤だけです。ただし、グレッグミンスターの家にはアイテムはないしモンスターも出現しないため、特に困ることはないと思います。
戦争イベント中に仲間キャラが戦死することがあります。戦死者が1人でもいるとグッドエンドにならないため、戦争イベント前は必ずセーブしておいたほうが良いです。仲間キャラは戦争イベント中に「負傷」することもありますが、負傷はエンディングの良し悪しとは無関係です。
個人的にはアイリーンが戦死しやすいと思います（というのも戦争イベントで「レパント一家」をよく使うため）。アイリーンは幻想水滸伝2にも姿だけですが一応登場します。幻想水滸伝1でアイリーンが戦死したデータを2に引き継いでも2にアイリーンは出てきます。
パーンは一騎打ちでテオに勝てます（レベル30弱。武器レベルを最高まで上げ、装備もその時点で用意できる最高のものにしておく）。パーンがテオにやられると108星がそろわずグッドエンドになりません。
パーンが亡くなったデータを2に引き継いでも2にパーンは出てきます。
水上砦シャサラザード攻略後の、最後のグレッグミンスターを攻める一連の戦争イベント開始前にグレミオ以外の108星を全員集めるとグレミオは生き返ります。グレミオが亡くなったままだとグッドエンドになりません。
グレミオを生き返らせるためには、水上砦シャサラザード攻略後にソニアを連れて自動的に本拠地に戻った後、一度でもマッシュに話しかける前に108星を仲間にする必要があります（マッシュに一度でも話しかけるとイベントが始まり、手遅れになります）。
選択肢やタイミングにより、仲間にできなくなるキャラがいます。
仲間にしない選択肢を取ると仲間にできない。
仲間にしない選択肢を取ると仲間にできない。
仲間にしない選択肢を取ると仲間にできない。初めて会ったときに仲間にするのを断ると、この2人はたぶんもう北の関所に出てこなくなると思う。
ゲーム終盤のイベントの連続やケガなどでマッシュに話しかけられなくなるため。仲間にできるタイミングは城レベル4後。最終タイミングは水上砦シャサラザードの戦争イベント終了直後。シャサラザードの出入り口付近に立っている場面から主人公を動かせるようになりますが、その後、シャサラザードの建物のほうに近づいてイベントを開始させるとマッシュが本拠地からいなくなり手遅れになります。
ゲーム終盤の、最後のグレッグミンスターの戦争イベント後にフリックとビクトールがパーティに強制加入し、メースの弟子4人をメースの元に連れていけなくなるため。仲間にできるタイミングは城レベル4後。仲間にできる最終タイミングは、最後のグレッグミンスターの戦争に出発する直前です。ただし、この時点でメースを仲間にしても、もうグレミオは生き返りません。グレミオを生き返らせるためには、水上砦シャサラザード攻略後にソニアを連れて自動的に本拠地に戻った後、一度でもマッシュに話しかける前にメースを仲間にする必要があります（マッシュに一度でも話しかけるとイベントが始まり、手遅れになります。マッシュに話しかける前にサンチェスに話しかけてパーティを変更し、メースを仲間にしに行きましょう）。
鍛冶屋攻撃とは、鍛冶屋のマース、ミース、モース、メース、ムースの5人中4人をパーティに入れると戦闘中に使えるいっしょに攻撃です。ゲーム終盤の、最後のグレッグミンスターの戦争イベント後にフリックとビクトールがパーティに強制加入し、鍛冶屋4人をパーティに入れることができなくなるため、それ以降はこのいっしょに攻撃を使うことができなくなります。