安土城に至急登城の呼び出しを受けた後、帰城して評定から出陣するところまでは他の武将と同じです。
他の武将と違うのは光秀が攻められる毛利家のお城は因幡伯耆の国にある鳥取城と羽衣石城の2つのみであること（これは国主になる道）、毛利家のお城を攻めずに織田家の二条城も攻められること（これは独立の道）、城主を解任されて部将の身分に戻る道もあることの3つです。
どの道を選ぶにしろ問題になるのが、野戦で日暮れのために強制退却になった場合でも退却扱いになることです。たとえば、もし国主になる道を選んで因幡伯耆の国のお城を攻めるときに自分の軍団の兵数が少なくて敵が籠城ではなく野戦を選択した場合は、攻め込むタイミングが悪ければ合戦突入後すぐに日暮れで強制退却となり、自分の意に反して強制的に部将の身分に戻るルートに進んでしまいます。これは二条城で羽柴秀吉や柴田勝家と戦うときもそうです。野戦時に日暮れで強制退却になると、自分は合戦に負けたものとしてゲームが進んでしまいます。
ちなみにもし因幡伯耆の国主になる道を選んだり、城主をやめて部将の身分に戻る道を選ぶ場合は、その前に自分が持っているお城のお金で商家が売っているアイテムを全部買っておいたり、取得にお金がかかる算用の技能を取ったりしておくと良いかもしれません。
攻められる毛利家の城は鳥取城と羽衣石城の2つのみ
光秀が出陣した後は、自分のお城は大殿に接収されていて、もう帰城できません。また、因幡伯耆の国にある鳥取城と羽衣石城の2つ以外の毛利家のお城に攻め込もうとすると「このお城は攻撃対象ではない」と言われて攻めることができません。
ちなみに因幡伯耆の国にあるお城を事前に1つでも落としておくと本能寺の変が発生しません。
因幡伯耆の国にある鳥取城と羽衣石城のどちらか1つを落とせばそこが自分の新たな居城になります。因幡伯耆の国のお城は、落とせばどちらも自分のものになります。鳥取城は最大石高が32万石なので坂本城24万石よりも石高は増えています。
羽衣石城から鳥取城へ、またはその逆に居城を移転させようとしても、連結が途絶えていると配下から言われて居城の移転ができません。播磨但馬の国の出石城を落とすと、織田領の丹波丹後の国と連結されて居城移転できるようになります。
明智光秀は部将に降格する道もある
因幡伯耆の国のお城から退却すると（たぶん合戦に負けても）兵糧切れで軍団は解散になり、安土城に行くと身分が信頼度9000の部将になります。配下は明智光春は必ず残りますが、他の武将は何らかの理由により信長の配下になることがあります。少なくとも信頼度や身分では決まっていないようです。部将の知行では雇えない組み合わせの配下が残ることもあります。
私は明智光春、真田昌幸、杉谷善住坊、島左近（飛鳥持ち）、赤井直正（飛鳥持ち）、鍋島直茂の6人が配下だった時に明智光春、杉谷善住坊、鍋島直茂の3人が残ったことがあります。イベント発生前に杉谷善住坊、鍋島直茂を大殿の元に送還しておくと明智光春だけが残りました。ちなみに明智光春は送還しようとしても本人に送還を拒否されて送還できません。
その後もゲームを進めてみると明智光秀は大和伊賀の国の高取城主になりました。
ちなみに太閤立志伝5だと明智光秀は謀反するか城主をやめて通常の武将に戻るかの2択しかなく、因幡伯耆の国主になる道はありませんでした。
明智光秀は二条城も攻められる
毛利家の鳥取城か羽衣石城を攻めずに二条城に行けば大殿に弓を引くか否かの選択肢が出ます。二条城を攻める選択をとるとムービーが流れた後、羽柴秀吉と野戦になります。そこから退却すると（たぶん合戦に負けても）羽柴秀吉が柴田勝家以外の織田領を継いで大名になります。柴田勝家は自分のお城だけで独立して大名になります。明智光秀は二条城のみ持って大名になります。この3人以外の織田家の武将はこの3人の誰かの配下になります。
羽柴秀吉に勝った後は柴田勝家と野戦になります。そこから退却すると（たぶん合戦に負けても）柴田勝家が羽柴秀吉以外の織田領を継いで大名になります。羽柴秀吉は自分のお城だけで独立して大名になります。明智光秀は二条城のみ持って大名になります。この3人以外の織田家の武将はこの3人の誰かの配下になります。
柴田勝家に勝った後は明智光秀が羽柴秀吉、柴田勝家以外の織田領を継いで二条城の大名になります。羽柴秀吉、柴田勝家は自分のお城だけで独立して大名になります。この3人以外の織田家の武将はこの3人の誰かの配下になります。